Η πόλη είναι χτισμένη στην τοποθεσία Μαντράκι, στη δυτική πλευρά του μεγάλου Κόλπου του Μιραμπέλου, αλλά η σημερινή ονομασία της προέρχεται από το Βυζαντινό ναό του Αγίου Νικολάου στον Όρμο, δυτικά της πόλης. Λόγω του ότι οι Ενετοί ποτέ δεν έδωσαν ιδιαίτερη σημασία στην περιοχή, ο Άγιος Νικόλαος δεν οχυρώθηκε με τείχος και παρέμεινε ένα μικρό ψαροχώρι ως τη στιγμή που μεταφέρθηκε εδώ η πρωτεύουσα του νομού στις αρχές του 20 ου αιώνα. Έκτοτε, η πόλη έχει μεταμορφωθεί σε ένα γραφικό τουριστικό θέρετρο με κύριους πυλώνες ανάπτυξης τις όμορφες παραλίες, την ηρεμία και τη γραφικότητα της.

Στον Άγιο Νικόλαο θα συναντήσετε πολλές από τις πιο ξακουστές παραλίες της Κρήτης. Οι περισσότερες παραλίες είναι οργανωμένες για το ευρύ κοινό, ενώ υπάρχουν και πιο απομονωμένες ακτές όπου μπορείς να απολαύσεις τον ήλιο και το μπάνιο σας. Μερικές από τις πιο γνωστές παραλίες είναι το Αμμούδι, το Ίστρο, η Κολοκύθα, ο Αλμυρός και ο Άγιος Παντελεήμων στον οποίο μπορείτε να κάνετε και θαλάσσια σπορ. Το σήμα κατατεθέν στην πόλη του Αγίου Νικολάου είναι η λίμνη Βουλισμένη, φημισμένη για τους δεκάδες θρύλους που συνδέονται με αυτή λόγω των πολύ βαθιών νερών της, όπως το ότι δεν έχει βάθος. Αν είστε λάτρεις της ιστορίας, μπορείτε να επισκεφθείτε το Αρχαιολογικό Μουσείο και το ναό του Αγίου Νικολάου από όπου πήρε το όνομα της η πόλη.

Γύρω από τον Άγιο, όπως τον αποκαλούν οι κάτοικοι, υπάρχουν πολλοί προορισμοί που μπορείτε να επισκεφθείτε με την ενοικίαση ενός σκάφους ή γιοτ, με ή χωρίς καπετάνιο. Απέναντι από το λιμάνι βρίσκεται το νησάκι των Αγίων Πάντων με τους προστατευόμενους Κρητικούς αίγαγρους και πολλά διάσπαρτα πολεμικά κτίσματα από τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο, όταν τον νομό Λασιθίου κατείχαν οι Ιταλοί. Επιπλέον, με την ενοικίαση ενός μηχανοκίνητου σκάφους μπορείτε να οργανώσετε μία μονοήμερη εκδρομή στο νησί της Σπιναλόγκας που λειτουργούσε ως λεπροκομείο από το 1904 έως το 1957. Εάν έχετε περισσότερο χρόνο, εξαιρετικές προτάσεις για πολυήμερες εκδρομές είναι να επισκεφθείτε πιο μακρινά νησιά, όπως το Γαϊδουρονήσι ή Χρυσή και τα Κουφονήσια.